Phát biểu chỉ đạo tại Hội nghị, Tổng Bí thư Tô Lâm nhấn mạnh, về cơ bản chủ trương đã rõ, phương án, kế hoạch, lộ trình triển khai đã cụ thể. Đây là điểm mới trong tổ chức quán triệt, triển khai các Nghị quyết của Đảng theo hướng rõ người, rõ việc, rõ cách làm, rõ trách nhiệm, rõ thời gian hoàn thành, sau Hội nghị là bắt tay thực hiện được ngay.
Trước yêu cầu cùng lúc phải triển khai một khối lượng công việc rất lớn, phạm vi rộng, thời gian ngắn, chất lượng cao, nhiều việc chưa có tiền lệ và để thống nhất trong lãnh đạo, chỉ đạo tổ chức thực hiện, Tổng Bí thư yêu cầu, phải xác định quyết tâm chính trị cao nhất trong lãnh đạo, chỉ đạo thực hiện Nghị quyết Hội nghị Trung ương 11, xác định đây là một “cuộc cách mạng” về sắp xếp bộ máy tổ chức, sắp xếp đơn vị hành chính và cải cách, đổi mới để phát triển đất nước. Các cấp ủy, tổ chức đảng, người đứng đầu các cấp phải sâu sát, quyết liệt trong lãnh đạo, chỉ đạo, quán triệt cho đội ngũ cán bộ, đảng viên nhận thức đầy đủ, sâu sắc tầm quan trọng đặc biệt của chủ trương này, tạo được sự thống nhất nhận thức, tư tưởng trong toàn Đảng và lan tỏa ra toàn xã hội, quyết tâm thực hiện thắng lợi các mục tiêu, định hướng mà Trung ương đã đề ra. Tập trung lãnh đạo, chỉ đạo các cơ quan triển khai quyết liệt các công việc trên tinh thần “đúng vai, thuộc bài”, phối hợp đồng bộ, nhịp nhàng, chặt chẽ từ Trung ương đến các địa phương và giữa các địa phương với nhau, không được có tư tưởng “quyền anh, quyền tôi”, địa phương này, địa phương kia, tất cả vì lợi ích chung của đất nước, vì nhân dân.
Các cấp ủy, tổ chức đảng triển khai các công việc trên tinh thần “vừa chạy vừa xếp hàng", nhưng phải thận trọng, chắc chắn, bài bản, không nóng vội, chủ quan; có thứ tự ưu tiên, làm việc nào chắc việc đó, làm việc này phải tính đến việc khác liên quan và phải thực hiện đúng các quy trình thủ tục theo quy định, không làm tắt, làm ẩu, làm qua loa, đại khái bất cứ công việc nào. Bám sát các mốc thời gian trong kế hoạch, bảo đảm các công việc được thực hiện đúng tiến độ thời gian quy định, nhất là các mốc thời gian quan trọng. Khuyến khích các địa phương, cơ quan, đơn vị hoàn thành sớm các công việc trước mốc thời gian quy định trên tinh thần “ổn định sớm để phát triển". Tăng cường thông tin, tuyên truyền tạo sự đồng thuận trong xã hội, phát huy đầy đủ quyền làm chủ của nhân dân, tôn trọng, lắng nghe ý kiến của nhân dân, các quy trình, thủ tục lấy ý kiến nhân dân phải được thực hiện theo đúng quy định, nhất là những nội dung liên quan đến sửa đổi, bổ sung Hiến pháp, sáp nhập các tỉnh, sáp nhập các xã.
